Los inicios con Manolo Márquez (2003-2006)

Para encarar con garantías el primer curso al Municipal Sagnier y de nuevo a Primera Catalana, el club confeccionó una plantilla llena de jugadores contrastados del fútbol catalán, pero el proyecto no salió bien. 
Un número excesivo de empates y una dolorosa derrota al campo del Pueblo Seco situaron el conjunto potablava a 10 puntos de las plazas de ascenso cuando sólo restaban diez jornadas para el final. Entonces la directiva decidió mover ficha y contrató Manolo Márquez, entrenador que provenía de la Peña Barcelonista Anguera y que, con el tiempo, resultaría clave para entender la consolidación de la AE Prat entre los grandes equipos de Cataluña.

El técnico barcelonés debutó con un empate al campo del CD Morell (1-1),pero bien pronto el equipo empezó a sumar de tres en tres y se plantó a la penúltima jornada con claras opciones de ascenso, unas esperanzas truncadas con la derrota en la jornada 37 en Badalona (3-0). En el último fin de semana liguero, los tropiezos parciales del Balaguer y el Masnou convertían el Prat en conjunto de Tercera División, pero los resultados variaron y el Sagnier se quedó con la miel a los labios.

El curso siguiente se planteó de una manera muy diferente. Márquez confió en una fornada de jugadores jóvenes que habían hecho un gran papel a la PB Anguera y en otros conjuntos modestos, y el resultado no podría haber sido mejor. El AE Prat certificó el ascenso a Tercera División a tres jornadas para el final con una victoria al Sagnier contra el Pubilla Casas (6-1) y el domingo siguiente se proclamó, por primera vez en la historia, campeón de Primera Catalana después de superar el Préstamo.

La temporada 2005/06 fue buena para la AE Prat, que logró la permanencia sin problemas y hasta y todo va ocupar plazas de promoción de ascenso a finales de la primera vuelta del campeonato. Con la conclusión del curso, pero, el club anunció la marcha de Manolo Márquez al CE Europa y la llegada de Kiko Díaz como nuevo técnico del primer equipo potablava.
 
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